今天算是弄通了Beamer里面的动画。之前，动画是我唯一让我留在MS PPT的理由，做模拟做实验，都是动画演示比较直观。Office的公式很差，而且换台计算机，可能还无法显示。还好有TeXPoint插件，利用LaTeX编译出来的公式图形来替代原生的Office公式输出。而Beamer输出的PDF文档，对于动画的支持一直不是那么好。于是还是暂时忍受PowerPoint做讲稿了。
最近，由于国际大搬家，换了一个地方以后，单位购买的Office版本从2003换到了2007，结果问题来了，以前一些讲稿，现在拿新版的Office一开，有不少地方需要调节。有一些由于版本的问题，不能在Wine里面的Office打开，还要到Windows原生的Office里转换格式，才能在Linux里面用。
想想以后不想如此折腾了，毕竟已经完全转到Linux，而且这个系统对于工作又不可或缺。于是查了几种方法来在PDF里加动画，找到了一个很满意解决方案。实际就是用一个animate包（英文说明，作者Alexander Grahn），然后用下面代码就可以实现：
\usepackage{animate}
…
\animategraphics[<options>]{<frame rate>}{<file basename>}{<first>}{<last>}
这个动画是由一个系列的图形文件构成的，自己定义动画的帧速<frame rate>，图形文件的目录和名称<file basename>，以及开始和结束的文件名称<first>、<last>。对于系列的图形文件，很多软件都有直接输出文件的命令。例如，下面的Mathematica输出命令就可以自动输出一系列的图片（文件名A1.jpg到A100.jpg）：
Table[{image = "A" <> ToString[i] <> “.jpg”;
Export[image, Show[G[i][[1]]]];}, {i, 1, 100}];
这里“G[i]”是一个带函数的图形输出命令。如果文件存在Figures目录下面，那么Beamer里调用下面命令就可以了。
\animategraphics[controls, buttonsize=3mm, height=0.3\textheight]{5}{Figures/A}{1}{100}
实际的例子可以看这里：slides.pdf。
如果动画是GIF、AVI格式之类的，也是有很多方法转换成系列图形的，例如ImageMagick，直接在命令行就可以完成转换。输出的带有动画的PDF文档，不再需要保存动画和图形文件，每次拷贝只需要一个文件就足够了。另外PDF的好处就是跨平台，在什么地方都可以看到一样的结果。
现在，用LaTeX/Beamer做讲稿的唯一问题已经解决。虽然做出来比较复杂的讲稿需要很多的时间，但是简单的东西，够用就可以了。另外，讲稿的目的，其实就是为了演讲者自己讲得清除，讲稿过于华丽倒是有反作用的。
PS，想到以后如果用PDF文档投文章，是不是可以直接插入动画了。如果从网上下载PDF，那么本地就可以直接看动画了。
9月份日本会议的文章。之前看见会议网页上只有接受WORD格式的论文说明，于是写信问组委会能否提交LaTeX格式的。提到我们实在无法接受M$的公式显示，太难看，看见了就恶心得写不了下文。组委会回信说，可以提交LaTeX 源文件和编译好的PDF文件。按照要求提交完毕以后，以为就此结束了。结果发现最近连被编辑发信催着改格式，说不用M$ WORD主编就不能操作，跟打兴奋剂似的。原先对日本人就没有什么好印象，不过感觉至少不会这样出尔反尔。
既然被强烈要求换成M$ WORD格式，那就硬着头皮用GrindEQ转换一次吧。转换以后发现，还要手动修改参考文献列表和编号，重新安排图片格式。这些都算了，花点时间折腾折腾就好。最受不了的是，M$ WORD排出来的公式真难看，无法接受这样的丑陋。已经用了不那么难看的MathType了，WORD原生的公式编辑器，简直就是噩梦。算了，以后投文章，找用LaTeX排版的杂志吧。不然自己都不会看第二遍。
下面是两个版本的区别，猜猜哪个是M$出的吧。
差别在于细节：看那个积分号，看那些希腊字母，那些间距的处理……M$ WORD的公式编辑器更难看，借用MathType以后还是如此“豪迈”，堪比毛博士的书法。唉～～
PS：其实之前也遇到一次类似的情况，都在亚洲。
PPS：厌恶WORD还有一点，就是版本之间的兼容问题，和别人合作，虽然WORD可以比较好的修改。但几个人版本不一样就完了。我笔记本上装的WORD 2003，一个合作者用WORD 2007，发个我的版本（.docx），我只能用我的OpenOffice打开。这个世界变化快，不如WORD升级快。简直就是笑话。
一篇论文寄到Elsevier准备校样。今天收到Elsevier的信件，说我的文件是基于PDFLaTeX的，他们只接受LaTeX/TeX的文档，图片只能是TIF或者EPS的，PDF格式的他们不收，而我用的几乎都是PDF格式的图片。原文这样说：
Acceptable text file formats include MS Word, Word Prefect, RTF, TEX and plain ASCII text. TIF and EPS files are preferred for figures. PDF, DVI and PS files are not acceptable for publication purposes.
看来，这个杂志还是比较偏向M$ Word的。以前投过Word版本的，没有任何问题。现在，只能想办法去转换所有的PDF图片了。总不能转回Word版本吧。之前，我用的是LaTeX，后来发现PDFLaTeX非常方便，图片PNG、JPEG、PDF都可以，一直就用来下来。几乎所有的图片输出都是PDF的，以前的EPS文件，都已经转存成PDF了。现在又要转回去，所谓”折腾”。一篇文章里十几张图，查了一下Windows下可用的软件，没有合适的。上午，竟然手动用Acrobat Professional一张张转换。后来发现在Linux/Unix下，直接就可以做批处理。命令是
pdftops -eps <PDF-file>
直接转成同名但不同后缀的EPS文件，比手动转换快多了。在LaTeX文档里，需要改变的也不多。EPS的文件大小比PDF的大很多，但放到压缩包以后，就问题不大了。所以，把文档传到Unix服务器，几个键盘操作，转换完毕后传回来，比在Win下面用鼠标点来点去效率高多了。终于搞定了。
这里说的是，如何插入全页图片，覆盖原来的页眉和页脚。这种情况比价多见，例如做封面，例如插入一个大图。下面的代码是插入一张全页图，不过有时候效果不好：
clearpage
thispagestyle{empty}
begin{figure}
…
end{figure}
clearpage
另外一个方法，现在经常用的，就是使用 pdfpages包。在定义引用包时加入：
usepackage[final]{pdfpages}
然后，先把图片转成PDF文档，用下面的命令在文中加入此页。
includepdf{figure.pdf}
newpage
发现这个的时候，是需要别人帮我做论文的封面，那人只用Word，给了个Office文档的标准封面，无奈之下，只能先编成PDF，后调用了。
最近，准备答辩的时候，从毕业论文里整理出几篇还没有发表的文章，打算投杂志。
问题在于，算是一个半吊子搞理论的去做了工程。
写出文章，投偏理论的期刊，别人会说太工程；投偏工程的期刊，怕被人说太理论。所以把前面2篇，一个投工程，一个投理论……
以前，写一篇文章，问老板投哪里。他说，他一点不在乎影响因子，也不知道这个期刊是什么影响因子。只在乎把文章投到这里，有没有人会看。这个标准还是很泛泛的，不过还算有效果。毕竟Google学术搜索什么的，还是比较容易定位到相关文章的。而不像以前查文献，还要去图书馆，找相关的杂志了解进展。这次，找他谈选择期刊的问题，他说如果我以后要向学术界发展，就要找偏理论的期刊。而如果打算在工业界，估计文章就不重要了。看来还是定位最重要了。
看来德国就是不是太重视文章，研究所里的美国博士后，一直在努力搞一篇 Nature Materials。不过人家提的是，文章的影响会很大，而不仅仅是期刊的影响因子。
另外，最近温家宝同学在Science上发了一篇文章。一看名字的排序 Wen Jiaobao，而不是转换成西方名前姓后的顺序，就知道是牛人来了。上次提到，PRL上建议使用东亚语言的作者名字后面附原名，但其实就算是中文，还是有不少重名的。ResearcherID是个不错的解决方案，不过需要研究人员自己去生成论文列表。一般按照“崇洋媚外”指数，中国名字换成英文写法有3种序列：(1) 起英文名Jacky Wang，Anna Li 之类；(2) 转换姓名顺序，名字在前；(3) 保持姓名顺序。最后一种还是要足够牛的人，别人才认。偏题了，就停在这里吧。
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