一个关于数学软件的问答 (Q&A)

这个是一个在StackExchange 论坛上的问答 Q&A,关于Mathematica。问题十分简单,哪里去找学这个数学软件的资源。看看下面的回复,简直就是可以写出一本书的内容。不对,那信息量比一本,甚至一系列教程多得多得多得多得多(注意,这个不是口吃)

Really good collection of resources for learning Mathematica, via goo.gl/OBVrcm

主要的是,这个回答(或者说回答系列)的详细程度,回答者的专业程度,让人叹为观止。另外就是可以看到社区的重要性,应该也是这些回答者们帮助他人的动力。这样的网络讨论,应该说是在英文社区中比较多见。

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Mendeley 文献管理

Mendeley这个桌面文献系统,不算是很新的东西。但是我从开始用到现在,才一个月时间,越用越顺手。反正个人感觉对于研究人员而言,是“居家旅行、杀人灭口必备良药”。

这个桌面应用,对于LaTeX /Word /OpenOffice 都没有问题,兼容多种操作系统,包括iOS/Andriod系统,还有网络同步和社区功能。同步可以和Dropbox衔接,有多种文献导入方式和文件夹监测更新。这里从个人角度谈谈几个优点。

PDF信息提取
这是第一个让我惊讶的功能,也就是从开始用就再也不想别的软件的原因。做一个简单的拖拽功能,把PDF文档导入Mendeley的桌面应用,软件就可以在文档中抓取索引信息,例如题目,作者,期刊名称,页码等等。据我所知,类似EndNote之类收费软件并没有这个功能。对于新的文档,准确率还是不低的。另外,Mendeley还会自动在背景更新更正信息,比对搜索在Google Scholar以及在Mendeley已有的数据库的信息。

当然很多时候,对于比较老的文档,或者不是特别标准的论文格式,可能会有不少错误。在这种情况下,Mendeley会做一个“need reviewing”的标记,就需要手动更新,或者输入正确的文档题目,可以选择自动进行Google Scholar的搜索。

多种文献录入方式
上面提到的PDF录入,不仅可以在数据库中添加文档信息,还自动加入里对于源文件的链接,方便查询和阅读。个人感觉PDF录入是最有效的方式,而且可以批量录入。虽然经常需要手动补全和修改信息,但只是做一次就可以了。其它的文献录入方式有:1)到Mendeley网站,寻找文档,添加到自己的帐号里。通过同步就可以在本地的数据库中找到;2)通过修改BibTeX的文件,同步数据库。我用的是JabRef,非常方便;3)还有就是石器时代的方法,手动录入。

文献阅读和标记
在Linux下,找不到特别合适的PDF标注软件。Mendeley自带一个阅读器,整合在桌面软件内,有简单的标注功能。主要的好处还在于可以通过同步在不同的计算机之间看到标注和笔记。另外添加自定义的分类和Tags,可以方便文献索引。

文件夹监测和同步
这个功能太强大了。一般我都把文件放在特定文件夹内,然后随时更新。之前用JabRef,录入信息以后,还需要手动定位PDF文档。Mendeley检测文件夹,每次添加新的文档都会进行新文档的识别,自动添加文档信息和链接。也就是说,每次阅读新文献,都只需要复制到这个文件到文件夹内部,就可以在Mendeley数据库里找到,进行阅读、标记、分类,而不用担心还需要手动做文献信息处理的工作了。

Mendeley自带网络云存储的功能,通过不同地点的桌面应用或者直接网络访问,就可以获取自己数据库中的文献。另外还具有和Dropbox协同工作的能力。Dropbox整合同步的一个好处就是:文档地址往往是绝对路径,换到另外一台计算机,可能就无法直接带开文档了。用Dropbox以后,就可以不再关注文档路径的问题了。

LaTeX/OpenOffice 兼容性
用LaTeX的话,实在是太方便了。复制索引的Key(软件自动生成,作者+年份),放到文档里就可以。原始数据库可以通过Tool-Options-BibTeX设置,完成以后就有自动同步更新的效果。另外那个同步出来的是个bib文档,可以直接用JabRef管理。对于OpenOffice也是有支持的插件的。其实,就算是使用Office也是可以通过Mendeley管理的,因为复制文献信息,就可以生成相应的索引条目。远比手动管理有效率多了,只不过我没有用过而已。

社区功能
Mendeley的网站上,可以做以下的几件事情:1)生成自己的Profile,添加论文列表。当然Mendeley会由于版权问题确认你是这篇文章的作者。2)可以看到你在看的文献,读者群的基本信息。例如地理位置,专业背景等。3)还可以在研究小组里共享和讨论文献。

缺点
1)PDF文献识别的问题。
2)免费空间1G(包括500M个人存储),似乎有些小,而升级到7G的费用又有些高(5US$每月)。当然如果是研究经费出钱,就没有什么问题了。

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正版不如盗版

上周末,在计算机上挂了一堆任务,打算周末算完,周一来做数据处理的。今天到单位一看,批处理的任务周六就停了,得到的数据点连总数的10%都没有到。原因是计算中心的服务器出错,无法提供“合法”的许可证(License),虽然我们合法地购买了足够的许可证。上午,在办公室里抓狂了半天……

由于现在的工作涉及一点半工业半研究性的项目,软件许可证上的要求还是很严格的。于是,计算中心有专门的人写脚本程序,控制软件许可证的分配和使用。做计算的费用就包括有CPU时间、磁盘空间和软件许可证几个部分。当然还有那个管理许可证的员工的工资,虽然经常出错,显得极度业余。可实际的结果是,付费以后,经常由于这个第三方的问题,计算中断,浪费了人力、硬件和时间。如果要在UNIX服务器群下计算,由于CPU时间的限制,需要预先估算大致需要的时间,写脚本控制,否则就被计算中心强行关闭。我现在的方法是,在自己办公室机器上挂题目,只用计算中心的许可证,结果连这个简单程序还出错!

现在只能手动提交任务,然后定期检查状态。以免再次遇到这样浪费时间的问题。

以前,也曾经发生过类似的情况,没有及时反馈,现在倒好,每个周末都宕机。今天上午,就和另外一个郁闷的德国同事一起抱怨这个问题。其实真正的许可证费用,不少就浪费在这种宕机时间里,那个软件一个许可证一年的费用就7000欧元。还有那种经常莫名其妙的服务器重启,郁闷~~

其实,直接的解决方案就是安装盗版,没有第三方的介入,出错的几率就小得多。许可证数量也几乎无限,节省等待的时间。又不是不买正版软件。所以,正版不如盗版。

PS:现在我的办公室被同事戏称为“盗版中心”。原因不在于我,而是我同屋的德国人豪哥。豪哥是个开源软件迷(Open Source),痛恨正版软件的昂贵。只要所里谁要买软件,豪哥首先建议一堆开源软件,不行就找个破解版。我的信箱里,可以定期收到他发过来的ABAQUS破解更新,几乎和公司发布新版本同步。我虽然也在笔记本上用盗版软件,不过比较低调。豪哥一来,立马就有了这个“盗版中心”的名号。

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