Archive for 6 月, 2011

Mendeley 文献管理

Mendeley这个桌面文献系统,不算是很新的东西。但是我从开始用到现在,才一个月时间,越用越顺手。反正个人感觉对于研究人员而言,是“居家旅行、杀人灭口必备良药”。

这个桌面应用,对于LaTeX /Word /OpenOffice 都没有问题,兼容多种操作系统,包括iOS/Andriod系统,还有网络同步和社区功能。同步可以和Dropbox衔接,有多种文献导入方式和文件夹监测更新。这里从个人角度谈谈几个优点。

PDF信息提取
这是第一个让我惊讶的功能,也就是从开始用就再也不想别的软件的原因。做一个简单的拖拽功能,把PDF文档导入Mendeley的桌面应用,软件就可以在文档中抓取索引信息,例如题目,作者,期刊名称,页码等等。据我所知,类似EndNote之类收费软件并没有这个功能。对于新的文档,准确率还是不低的。另外,Mendeley还会自动在背景更新更正信息,比对搜索在Google Scholar以及在Mendeley已有的数据库的信息。

当然很多时候,对于比较老的文档,或者不是特别标准的论文格式,可能会有不少错误。在这种情况下,Mendeley会做一个“need reviewing”的标记,就需要手动更新,或者输入正确的文档题目,可以选择自动进行Google Scholar的搜索。

多种文献录入方式
上面提到的PDF录入,不仅可以在数据库中添加文档信息,还自动加入里对于源文件的链接,方便查询和阅读。个人感觉PDF录入是最有效的方式,而且可以批量录入。虽然经常需要手动补全和修改信息,但只是做一次就可以了。其它的文献录入方式有:1)到Mendeley网站,寻找文档,添加到自己的帐号里。通过同步就可以在本地的数据库中找到;2)通过修改BibTeX的文件,同步数据库。我用的是JabRef,非常方便;3)还有就是石器时代的方法,手动录入。

文献阅读和标记
在Linux下,找不到特别合适的PDF标注软件。Mendeley自带一个阅读器,整合在桌面软件内,有简单的标注功能。主要的好处还在于可以通过同步在不同的计算机之间看到标注和笔记。另外添加自定义的分类和Tags,可以方便文献索引。

文件夹监测和同步
这个功能太强大了。一般我都把文件放在特定文件夹内,然后随时更新。之前用JabRef,录入信息以后,还需要手动定位PDF文档。Mendeley检测文件夹,每次添加新的文档都会进行新文档的识别,自动添加文档信息和链接。也就是说,每次阅读新文献,都只需要复制到这个文件到文件夹内部,就可以在Mendeley数据库里找到,进行阅读、标记、分类,而不用担心还需要手动做文献信息处理的工作了。

Mendeley自带网络云存储的功能,通过不同地点的桌面应用或者直接网络访问,就可以获取自己数据库中的文献。另外还具有和Dropbox协同工作的能力。Dropbox整合同步的一个好处就是:文档地址往往是绝对路径,换到另外一台计算机,可能就无法直接带开文档了。用Dropbox以后,就可以不再关注文档路径的问题了。

LaTeX/OpenOffice 兼容性
用LaTeX的话,实在是太方便了。复制索引的Key(软件自动生成,作者+年份),放到文档里就可以。原始数据库可以通过Tool-Options-BibTeX设置,完成以后就有自动同步更新的效果。另外那个同步出来的是个bib文档,可以直接用JabRef管理。对于OpenOffice也是有支持的插件的。其实,就算是使用Office也是可以通过Mendeley管理的,因为复制文献信息,就可以生成相应的索引条目。远比手动管理有效率多了,只不过我没有用过而已。

社区功能
Mendeley的网站上,可以做以下的几件事情:1)生成自己的Profile,添加论文列表。当然Mendeley会由于版权问题确认你是这篇文章的作者。2)可以看到你在看的文献,读者群的基本信息。例如地理位置,专业背景等。3)还可以在研究小组里共享和讨论文献。

缺点
1)PDF文献识别的问题。
2)免费空间1G(包括500M个人存储),似乎有些小,而升级到7G的费用又有些高(5US$每月)。当然如果是研究经费出钱,就没有什么问题了。

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汤姆的梦想

博士生汤姆,二十九岁,之前是职业游泳运动员。将近一米九的身高,从背影一看就知道是游泳健将。不过汤姆有点内向,说说话会脸红。

2008年北京奥运会,澳大利亚代表团选了六个男子游泳运动员,他排在了第七位。今天他和我说,打算休学半年,去加拿大集训三个月,然后像四年前一样参加奥运会资格赛。他说因为年龄原因,这是他最后一次机会了。虽然很大可能是和上次一样的结果,不过这是他的梦想,他想试一试。我说,你一定要努力试一下,因为如果你参加了2012年伦敦奥运会,我会很自豪地和别人说,“看这个人是我的博士生汤姆。”

汤姆现在每天都是非常规律的生活,清晨五点到七点,游泳训练;八点到下午四点,实验室做研究工作;下午五点到七点,游泳训练。一周七天,只有周日休息。

现在他在大学里从事基础研究工作,打算在三年内完成博士学位。这样的职业运动员,读起理工科的博士,一点都不累。从我早期的个人经验,国内的运动员大都有些过于专注体育,而忽略学习。知名运动员们大都选择经贸管理专业,读研究生。而跑到西方国家,竟然遇到职业运动员读理工博士的例子。汤姆不是个例,我还有一个美国朋友,职业篮球运动员,现在在MIT完成材料科学的博士学位。

之前问过汤姆,他选择读博士的原因,他说觉得做研究和搞体育一样,有挑战性的东西才有趣。

但愿明年奥运会的时候,我有机会给别人介绍他,“看这个人是我的博士生汤姆。”。

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看看九常委的子孙都在哪里

资料都是来自wikipedia。只关注子女,不关注其他家族成员。看来中国造航母,果然不可能是针对美国的。

(1) 胡锦涛

一子胡海峰及一女胡海清(又名胡晓桦),皆長居於美国

(2) 吴邦国

孙女在美国耶鲁大学读书。

(3)温家宝

育有一子一女。儿子温云松曾留学美国,现任电信IT公司优创科技(Unihub)的总裁,新天域资本创始人,此外他创办的私募基金“新天域资本公司 New Horizon Capital”管理几十亿美元,投资人为美国摩根大通(JPMorgan Chase)、瑞士瑞银(UBS)、新加坡淡马锡控股公司和德意志银行(Deutsche Bank)等20多家国际知名的机构。女儿温如春曾就读于南京解放军国际关系学院,女婿刘春航现任中国银监会统计部主任兼研究局局长,其是英国剑桥大学发展研究学博士、美国哈佛商学院工商管理硕士,先后在摩根士丹利、麦肯锡咨询公司从事公司重组、战略和管理咨询等工作。

(4)贾庆林

女婿李柏檀,生有女儿李茉莉(1992,Jasmine Li,雅思曼·李或杰斯铭·李)。2009年11月29日,李茉莉在巴黎参加第19届年度巴黎成人礼而被媒体关注。儿子賈建國(Richard Jia)、賈衛國,孙女就读美国斯坦福大学。

(5)李长春

儿子李慧镝,中国移动副总裁。

(6)习近平

女儿习明泽,生于1992年,一说为1993年,曾經在杭州外國語學校讀書,2008年保送浙江大学,2009年7月,习明泽进入浙江大学外国语学院,2010年5月前往美国哈佛大学读本科。

(7)李克强

独生女毕业于北京大学,现在美国留学。

(8)贺国强

暂无

(9)周永康

暂无

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回复文章赠送 0.02 Bitcoin

现在随着mining复杂度不断提高,还是一些赠送的BTC比较容易。这个帖子下面,按照回帖序列,如果是斐波那契数列之一,则赠送0.02 Bitcoin。条件是在下面回帖里面留下 Bitcoin address(公开)和填写Email(不公开)。如果符合斐波那契数列的(垃圾回复除外),会在一定时间时间以后,或者直接寄出BTC,并且Email联系。

最近看了Bitcoin,除了所谓“货币”功能,发现它是个比较好的测试硬件,尤其是GPU计算能力的东西。尤其是在对等情况下比较计算集群和GPU的工具。Bitcoin的并行实现还是非常有效的,不知道什么时候科学和工程计算上能有如此效率。这个东西成为一种“货币”看来还是任重道远,不过至少非常有趣。主要的问题还是流通性,除了一些论坛以外,并不是特别容易找到很多接收Bitcoin的C2C和B2C的平台。之前是在一些Geek里流行,而现在也明显看见一些商业炒作的痕迹了。

由于早先购入一定数量的BTC,现在也来凑热闹送Bitcoin啦。现在Bitcoin购入价格已经在市价25USD/BTC的水平上了。条件是,(一)留言序列是斐波那契数列之一,(二)不包括恶意的垃圾留言(取消资格,由最近的下一位有效回复者获得资格);(三)如果遇到无效回复,例如无效的Email或者BTC地址,则由最近的下一位有效回复者获得;(四)截止日期再议。

关于斐波那契数列,\(\)  \(\),从n=2 开始。也就是说第1,2,3,5,8,13,21,34,55,89,144... (难度也和挖矿一样递增)。详情参见wiki条目Fibonacci number

发完Blog贴以后,打算在Twitter(@drgan)上传播一下。都是需要翻墙的。

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