VisIt，研究数据的可视化软件
在网上寻找科研资料时找到的一个软件，OpenSourse，遵循BSD。名字叫VisIt，应该是Visualization It 的简称，由Lawrence Livermore National Laboratory开发。功能强大，Unix、Windows、MacOS平台，主要的是有Python、C++、Fortran的接口，其他还有可以并行计算和远程计算。
前阶段想的一个问题就是，程序写出来的数据，难道还要重新写一个GUI来实现可视化的目的？有了这个软件，写个接口程序就OK。下面的工作就是专心写算法了，最后的可视化也就是看看文档写接口程序。从一个想法Discrete Element Method（DEM）开始寻找，竟然发现了Random Close Packing（RCP）算法问题 ([1]~[3])，以及Jamming in Packing System问题（Yale的O'Hern小组，文章都是再Science和Nature上的）。其实问题就是，怎么在有限空间内随机装入尽可能多的刚性/弹性小球，这个问题估计有几千年的历史了吧。通过随机算法和实验证明，最高的相对密度可以达到0.64，而采用面心立方排布的单一尺寸小球却可以到达0.74的相对密度，还有就是通过分形计算可以得到更致密的组织。随机算法RCP还有一个问题是怎么考虑周期性边界条件，毕竟排完以后还要进行真正的DEM模拟。基本的算法就是，先投入小球，然后收缩边界（或者增大小球直径），调整单元胞内小球坐标以消除孔隙和交界，直至无法缩小单元胞尺寸。看到这个问题，第一个直觉就是采用类似分子动力学（MD）里的势函数，后来再查文献，这个idea人家早有了。发现这些问题，挺有意思的，和以前写的3D Voronoi程序有些接近，都属于计算几何学，写写程序实现以后，可以作为材料细观结构模拟的基础。一直在考虑计算机对于固体力学研究方向的影响，像多尺度模拟一直是挺有意思的话题。
再进一步的寻找又找到这个软件VisIt，努力学习中......拥有这样的功能却依然免费，确实不是太容易做的事情。不过，有个问题就是这个软件的名字VisIt，很难用Google搜到，要试“LLNL VisIt”就可以了。其实这一系列的想法，都是通过超链接完成的，也是互联网帮助研究的一个方面。不过面对涌来的众多信息，最容易的就是迷失原来的方向。
VisIt Visualization Tool:
http://www.llnl.gov/visit/
Reference:
[1] Jordrey and Tory (1985) Physical Review A 32(4): 2347
[2] Torquato et al. (2000) Physical Review Letters 84(10): 2064
[3] Zinchenko (1994) Journal of Computational Physics 114: 298
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